Les étudiants d’hypokhâgne (1ère année) obtiennent une validation d’acquis à l’université (Lettres et Arts, Sciences Humaines) de 60 ECTS (crédits d’enseignement de la première année de licence ou L1), à la fin de la khâgne (2ème année) ils obtiennent 120 ECTS (L2) et peuvent ensuite retourner à l’université en L3. La discipline de validation des acquis correspond à la spécialité choisie en seconde année. Si certains étudiants font le choix de tenter une seconde fois les concours et de refaire une année de khâgne (étudiants «cubes» ), les conventions établies entre le lycée Faidherbe et les universités de Lille 3, Lille 1 et Lille 2, de Paris Sorbonne, de Paris VII et Paris X permettent d’obtenir après examen de leur dossier une validation d’acquis de licence, à condition de poursuivre en master (M1) dans ces établissements. En outre, le lycée Faidherbe a signé des conventions avec l’IEP de Rennes, l’ISIT (Institut Supérieur d’Interprétariat) et l’IAE (Institut d’Administration des Entreprises de Lille) qui dispensent les étudiants des épreuves écrites pour entrer en seconde année après examen par le lycée de leur dossier.

Le Lycée Faidherbe propose un large choix de spécialités en seconde année : lettres modernes, lettres classiques, histoire et géographie, philosophie, cinéma, histoire des arts, théâtre, langues vivantes (anglais, allemand, espagnol), Chartes B.